物語の舞台は江戸時代初期。
（3代目将軍徳川家光の時代であり、鎖国令も発布されている）
あなた達が暮らす〈日の本〉では、妖怪や悪霊が人間に及ぼす被害が相次いでいた。

そんな中、一つの重大な事件が起こる。
京の御所に住まう天皇を妖怪や悪霊らが襲撃をした〈明神事件-あきつかみじけん-〉。
​幸いにも死傷者は出なかったが、これをきっかけに天皇は床に臥せるようになったのだった。

幕府はこの事態を深刻に捉え、こうした人ならざるものへの対抗手段となる"特別な力"を持つ人々を全国から京の都に招集することになった。

彼らは"神を祀り神に仕える人"とされ〈神薙-かんなぎ-〉という名で呼ばれることになる。